VU Gyvybės mokslų centro autoriaus 'Tautvydas Karvelis' publikacijų sąrašas

2025
1 Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo). New CRISPR-CAS effector proteins and the use thereof. WO2025074246A2. 2024-10-01. 68 p. Prieiga per internetą: <https://worldwide.espacenet.com/patent/search/family/093335248/publication/WO2025074246A2?q=WO2025074246>. [DB: Espacenet]
2 Druteika, Gytis; Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus. Experimental strategy for characterization of novel TnpB orthologs // CRISPR-Cas Systems for RNA and Genome Editing - Part A : Academic Press Inc., 2025. ISBN 9780443317521. p. 183-195. (Methods in enzymology, ISSN 0076-6879, eISSN 1557-7988 ; vol. 712). DOI: 10.1016/bs.mie.2025.01.056. [DB: Scopus]
3 Madariaga-Marcos, Julene; Baltramonaitis, Marius; Henkel-Heinecke, Selgar; Kauert, Dominik J.; Irmisch, Patrick; Bigelytė-Stankevičienė, Greta; Šilanskas, Arūnas; Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus; Sasnauskas, Giedrius; Seidel, Ralf. Structural and mechanistic insights into the sequential dsDNA cleavage by SpCas12f1 // Nucleic acids research. Oxford : Oxford University Press. ISSN 0305-1048. eISSN 1362-4962. 2025, vol. 53, iss. 13, art. no. gkaf588, p. [1-14]. DOI: 10.1093/nar/gkaf588. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus]
4 Massih, Alexandros Abdel; Kaiser, Lisa; El Hoss, Sara; Hardouin, Giulia; Monreal, Maria Teresa Martin; Rooney, Michael; Jackow, Joanna; Strouboulis, John; Nicolaides, Kypros; Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Šikšnys, Virginijus; Miccio, Annarita; Shangaris, Panicos. Prenatal gene editing tools for sickle cell disease // British journal of haematology: Abstracts of the 65th annual scientific meeting of the British Society for Haematology, 27‐29 April 2025, Glasgow. Hoboken : Wiley. ISSN 0007-1048. eISSN 1365-2141. 2025, vol. 206, suppl. 1, art. no. BSH25OR25, p. [1]. DOI: 10.1111/bjh.20117. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science)]

2024
1 Bigelytė, Greta; Duchovska, Brigita; Žedaveinytė, Rimantė; Sasnauskas, Giedrius; Šinkūnas, Tomas; Dalgėdienė, Indrė; Tamulaitienė, Giedrė; Šilanskas, Arūnas; Kazlauskas, Darius; Valančauskas, Lukas; Madariaga-Marcos, Julene; Seidel, Ralf; Šikšnys, Virginijus; Karvelis, Tautvydas. Innate programmable DNA binding by CRISPR-Cas12m effectors enable efficient base editing // Nucleic acids research. Oxford : Oxford University Press. ISSN 0305-1048. eISSN 1362-4962. 2024, vol. 52, iss. 6, p. 3234-3248. DOI: 10.1093/nar/gkae016. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus] [IF: 13.100; AIF: 5.300; Q1 (2024 InCities JCR SCIE)]
2 Marcos, Julene Madariaga; Kauert, Dominik J.; Henkel-Heinecke, Selgar; Irmisch, Patrick; Bigelytė, Greta; Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus; Seidel, Ralf. Mechanistic insights into CRISPR-Cas12f1 revealed through single-molecule and biochemical studies // Biophysical journal: 68th annual meeting of the Biophysical-Society, Philadelphia, PA, February 10-14, 2024. Cambridge : Cell press. ISSN 0006-3495. eISSN 1542-0086. 2024, vol. 123, iss. 3, suppl. 1, p. 181A-182A. DOI: 10.1016/j.bpj.2023.11.1183. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 3.100; AIF: 3.600; Q2 (2024 InCities JCR SCIE)]
3 Van Ginkel, Liz; Lange, Lindsey; Djukanovic, Vesna; Lex, Stephanie; Barone, Pierluigi; Budėnaitė, Laima; Vitkevičienė, Aida; Štitilytė, Miglė; Mabuchi, Megumu; Curcuru, Jennifer L.; Fuchs, Ryan T.; Bigelytė, Greta; Karvelis, Tautvydas; Robb, G. Brett; Gasiūnas, Giedrius; Sander, Jeffry D.; Šikšnys, Virginijus; Young, Joshua K. Engineering miniature SpaCas12f1 genome editing potential // In vitro cellular & developmental biology-animal: 2024 World congress on In vitro biology proceedings. New York : Springer. ISSN 1071-2690. eISSN 1543-706X. 2024, vol. 60, iss. 1, suppl., art. no. P-2028, p. S123-S124. DOI: 10.1007/s11626-024-00962-8. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 1.700; AIF: 5.400; Q3 (2024 InCities JCR SCIE)]
4 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). A novel RNA-programmable system for targeting polynucleotides. EP4363566A1. 2024-05-08. 84 p. Prieiga per internetą: <https://worldwide.espacenet.com/patent/search/family/076859656/publication/EP4363566A1?q=pn%3DEP4363566A1>. [DB: Espacenet]
5 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). A novel rna-programmable system for targeting polynucleotides. JP2024524514A. 2024-07-05. 75 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/JP2024524514A/en?oq=JP2024524514A>. [DB: Espacenet]
6 Zaremba, Mindaugas (autorius, išradimo); Toliušis, Paulius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Sasnauskas, Giedrius (autorius, išradimo); Šinkūnas, Tomas (autorius, išradimo); Grybauskas, Algirdas (autorius, išradimo); Šilanskas, Arūnas (autorius, išradimo); Zagorskaitė, Evelina (autorius, išradimo). CRISPR nuclease off-target detection by sequencing (CROFT-Seq). US20240401126A1. 2024-12-05. 23 p. Prieiga per internetą: <https://worldwide.espacenet.com/patent/search/family/093653985/publication/US2024401126A1?q=US20240401126A1>. [DB: Espacenet]
7 Zaremba, Mindaugas (autorius, išradimo); Toliušis, Paulius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Sasnauskas, Giedrius (autorius, išradimo); Šinkūnas, Tomas (autorius, išradimo); Grybauskas, Algirdas (autorius, išradimo); Šilanskas, Arūnas (autorius, išradimo); Zagorskaitė, Evelina (autorius, išradimo). CRISPR nuclease off-target detection by sequencing (CROFT-Seq). EP4471159A1. 2024-12-04. 29 p. Prieiga per internetą: <https://worldwide.espacenet.com/patent/search/family/086646501/publication/EP4471159A1?q=EP4471159A1>. [DB: Espacenet]
8 Zaremba, Mindaugas (autorius, išradimo); Toliušis, Paulius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Sasnauskas, Giedrius (autorius, išradimo); Šinkūnas, Tomas (autorius, išradimo); Grybauskas, Algirdas (autorius, išradimo); Šilanskas, Arūnas (autorius, išradimo); Zagorskaitė, Evelina (autorius, išradimo). CRISPR nuclease off-target detection by sequencing (CROFT-Seq). JP2024172618A. 2024-12-12. 33 p. Prieiga per internetą: <https://worldwide.espacenet.com/patent/search/family/093798213/publication/JP2024172618A?q=JP2024172618A>. [DB: Espacenet]
9 Druteika, Gytis; Karvelis, Tautvydas. Exploring the IS200/IS605 family transposable elements for novel genome editing tools // Open Readings 2024. The 67th international conference for students of physics and natural sciences, April 23-26, 2024 : book of abstracts. Vilnius : Vilniaus universiteto leidykla, 2024. ISBN 9786090710517. p. 301. (Vilnius University proceedings, eISSN 2669-0233 ; vol. 46). DOI: 10.15388/Proceedings.2024.46. [DB: Dimensions]
10 Žiliukaitė, Bartė; Druteika, Gytis; Karvelis, Tautvydas. Development of the screening system for transposable elements // Open Readings 2024. The 67th international conference for students of physics and natural sciences, April 23-26, 2024 : book of abstracts. Vilnius : Vilniaus universiteto leidykla, 2024. ISBN 9786090710517. p. 385. (Vilnius University proceedings, eISSN 2669-0233 ; vol. 46). DOI: 10.15388/Proceedings.2024.46. [DB: Dimensions]

2023
1 Sasnauskas, Giedrius; Tamulaitienė, Giedrė; Druteika, Gytis; Carabias, Arturo; Šilanskas, Arūnas; Kazlauskas, Darius; Venclovas, Česlovas; Montoya, Guillermo; Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus. TnpB structure reveals minimal functional core of Cas12 nuclease family // Nature. Berlin : Nature Portfolio. ISSN 0028-0836. eISSN 1476-4687. 2023, vol. 616, no. 7956, p. 384-389. DOI: 10.1038/s41586-023-05826-x. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus] [IF: 50.500; AIF: 5.700; Q1 (2023 InCities JCR SCIE)]
2 Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus. Fanzors: Mysterious TnpB-like bacterial transposon-related RNA-guided DNA nucleases of eukaryotes // CRISPR journal. New Rochelle : Mary Ann Liebert Inc. ISSN 2573-1599. eISSN 2573-1602. 2023, vol. 6, iss. 4, p. 310-312. DOI: 10.1089/crispr.2023.29164.tka. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus] [IF: 3.800; AIF: 3.600; Q2 (2023 InCities JCR SCIE)]
3 Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus. Mis-annotation of TnpB: case of TaRGET-ABE : [letter] // Nature chemical biology. Berlin : Nature Research. ISSN 1552-4450. eISSN 1552-4469. 2023, vol. 19, iss. 3, p. 261-262. DOI: 10.1038/s41589-022-01242-w. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus] [IF: 13.000; AIF: 5.100; Q1 (2023 InCities JCR SCIE)]
4 Hino, Tomohiro; Omura, Satoshi N.; Nakagawa, Ryoya; Togashi, Tomoki; Takeda, Satoru N.; Hiramoto, Takafumi; Tasaka, Satoshi; Hirano, Hisato; Tokuyama, Takeshi; Uosaki, Hideki; Ishiguro, Soh; Kagieva, Madina; Yamano, Hiroyuki; Ozaki, Yuki; Motooka, Daisuke; Mori, Hideto; Kirita, Yuhei; Kise, Yoshiaki; Itoh, Yuzuru; Matoba, Satoaki; Aburatani, Hiroyuki; Yachie, Nozomu; Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus; Ohmori, Tsukasa; Hoshino, Atsushi; Nureki, Osamu. An AsCas12f-based compact genome-editing tool derived by deep mutational scanning and structural analysis // Cell. Cambridge, MA : Cell Press. ISSN 0092-8674. eISSN 1097-4172. 2023, vol. 186, iss. 22, p. 4920-4935.e23. DOI: 10.1016/j.cell.2023.08.031. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus] [IF: 45.600; AIF: 5.900; Q1 (2023 InCities JCR SCIE)]
5 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Lubys, Arvydas (autorius, išradimo); Zaliauskienė, Lolita (autorius, išradimo); Glemžaitė, Monika (autorius, išradimo); Smith, Anja (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. US11555187B2. 2023-01-17. 83 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/US11555187B2/en?oq=US11555187B2>.
6 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. US20230123754A1. 2023-04-20. 42 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/US20230123754A1/en?oq=US20230123754A1>.
7 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. US20230272394A1. 2023-08-31. 61 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/US20230272394A1/en?oq=US20230272394A1>.

2022
1 Tutkus, Marijonas; Kopūstas, Aurimas; Alsamsam, Mohammad Nour; Paksaitė, Justė; Jurevičiūtė, Meda; Ašmontas, Simonas Vytautas; Karvelis, Tautvydas; Zaremba, Mindaugas. Super-resolution microscopy and the soft DNA curtains: high-throughput SM method for protein-DNA interaction studies // Joint international conference “Functional materials and nanotechnologies“ and "Nanotechnology and innovation in the Baltic sea region“, FM&NT – NIBS 2022, Riga, Latvia, July 3 - 6, 2022: book of abstracts / edited by L. Grīnberga, A. Šarakovskis, G. Kunakova. Riga : University of Latvia, 2022, OR-10. ISBN 9789934236457. p. 100. Prieiga per internetą: <https://fmnt-nibs.lu.lv/speakers-agenda> [žiūrėta 2022-09-09].
2 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Lubys, Arvydas (autorius, išradimo); Zaliauskienė, Lolita (autorius, išradimo); Glemžaitė, Monika (autorius, išradimo); Smith, Anja (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by Cas9-crRNA complex. JP7113877B2. 2022-08-05. 37 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/JP7113877B2/>.
3 Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus. Molecular mechanisms of type II CRISPR‐Cas systems // Crispr: biology and applications / Rodolphe Barrangou, Erik J. Sontheimer, Luciano A. Marraffini (eds.). New York : Wiley, 2022. ISBN 9781683670377. eISBN 9781683673798. p. 53-69. DOI: 10.1002/9781683673798.
4 Henkel-Heinecke, Selgar; Bigelytė, Greta; Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus; Seidel, Ralf. Dynamics of R-loop formation by CRISPR-Cas12f1 effector complexes // Biophysical journal. Cambridge : Cell Press. ISSN 0006-3495. eISSN 1542-0086. 2022, vol. 121, iss. 3, suppl. 1, p. 477a. DOI: 10.1016/j.bpj.2021.11.375. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 3.400; AIF: 4.200; Q2 (2022 InCities JCR SCIE)]
5 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Lubys, Arvydas (autorius, išradimo); Zaliauskienė, Lolita (autorius, išradimo); Glemžaitė, Monika (autorius, išradimo); Smith, Anja (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. JP7186574B2. 2022-12-09. 38 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/JP7186574B2/en?oq=JP6423338B2>.

2021
1 Bigelytė, Greta; Young, Joshua K; Karvelis, Tautvydas; Budrė, Karolina; Žedaveinytė, Rimantė; Djukanovic, Vesna; Van Ginkel, Elizabeth; Paulraj, Sushmitha; Gasior, Stephen; Jones, Spencer; Feigenbutz, Lanie; Clair, Grace St; Barone, Pierluigi; Bohn, Jennifer; Acharya, Ananta; Zastrow-Hayes, Gina; Henkel-Heinecke, Selgar; Šilanskas, Arūnas; Seidel, Ralf; Šikšnys, Virginijus. Miniature type V-F CRISPR-Cas nucleases enable targeted DNA modification in cells // Nature communications. Berlin : Nature research. eISSN 2041-1723. 2021, vol. 12, iss. 1, art. no. 6191, p. [1-8]. DOI: 10.1038/s41467-021-26469-4. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus, PubMed]
2 Karvelis, Tautvydas; Druteika, Gytis; Bigelytė, Greta; Budrė, Karolina; Žedaveinytė, Rimantė; Šilanskas, Arūnas; Kazlauskas, Darius; Venclovas, Česlovas; Šikšnys, Virginijus. Transposon-associated TnpB is a programmable RNA-guided DNA endonuclease // Nature. Berlin : Nature research. ISSN 0028-0836. eISSN 1476-4687. 2021, vol. 599, p. 692-696. DOI: 10.1038/s41586-021-04058-1. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus, Academic Search Premier, MEDLINE, Embase] [IF: 69.504; AIF: 7.694; Q1 (2021 InCities JCR SCIE)]
3 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Lubys, Arvydas (autorius, išradimo); Žaliauskienė, Lolita (autorius, išradimo); Glemžaitė, Monika (autorius, išradimo); Smith, Anja (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. JP2021019617A. 2021-02-18. 36 p.
4 Kopūstas, Aurimas; Rakickas, Tomas; Paksaitė, Justė; Pocevičiūtė, Ernesta; Karvelis, Tautvydas; Zaremba, Mindaugas; Manakova, Elena; Tutkus, Marijonas. Soft DNA Curtains: high-throughput SM biophysics method to investigate protein-DNA interaction // 13th EBSA European biophysics congress, Vienna (Austria), July 24–28, 2021. Vienna. 2021, P-354, p. 190.
5 Kopūstas, Aurimas; Rakickas, Tomas; Paksaitė, Justė; Pocevičiūtė, Ernesta; Karvelis, Tautvydas; Zaremba, Mindaugas; Manakova, Elena; Tutkus, Marijonas. Soft DNA Curtains platform for single-molecule level DNA-protein interaction studies // 13 th EBSA European biophysics congress, Vienna (Austria), July 24–28, 2021. Vienna. 2021, P-355, p. 191.
6 Kopūstas, Aurimas; Karvelis, Tautvydas; Manakova, Elena; Paksaitė, Justė; Pocevičiūtė, Ernesta; Rakickas, Tomas; Zaremba, Mindaugas; Tutkus, Marijonas. Soft DNA Curtains: High-throughput SM biophysics method to investigate the binding of proteins to DNA // EMBO | EMBL Symposium : Seeing is believing: imaging the molecular processes of life: 5-8 October 2021, virtual conference. 2021, p. 1-3. Prieiga per internetą: <https://www.embl.org/about/info/course-and-conference-office/events/ees21-10/> [žiūrėta 2022-09-27].
7 Rakickas, Tomas; Paksaitė, Justė; Pocevičiūtė, Ernesta; Karvelis, Tautvydas; Zaremba, Mindaugas; Manakova, Elena; Tutkus, Marijonas; Kopūstas, Aurimas. Soft DNA Curtains fabrication and application to protein binding studies // EMBO | EMBL Symposium : Seeing is believing: imaging the molecular processes of life: 5-8 October 2021, virtual conference. 2021, p. 1-3. Prieiga per internetą: <https://www.embl.org/about/info/course-and-conference-office/events/ees21-10/> [žiūrėta 2022-09-27].
8 Kopūstas, Aurimas; Ivanovaitė, Šarūnė; Rakickas, Tomas; Pocevičiūtė, Ernesta; Paksaitė, Justė; Karvelis, Tautvydas; Zaremba, Mindaugas; Manakova, Elena; Tutkus, Marijonas. Oriented soft DNA curtains for single-molecule imaging // Langmuir. Washington : American Chemical Society. ISSN 0743-7463. eISSN 1520-5827. 2021, vol. 37, iss. 11, p. 3428-3437. DOI: 10.1021/acs.langmuir.1c00066. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus] [IF: 4.331; AIF: 7.312; Q2 (2021 InCities JCR SCIE)]

2020
1 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Lubys, Arvydas (autorius, išradimo); Žaliauskienė, Lolita (autorius, išradimo); Glemžaitė, Monika (autorius, išradimo); Smith, Anja (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the CAS9-CRRNA complex : European patent application. EP3594341A1. 2020-01-15. 79 p. [DB: Espacenet]
2 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. CN104520429B. 2020-01-15. Prieiga per internetą: <https://worldwide.espacenet.com/patent/search/family/048050947/publication/CN104520429B?q=pn%3DCN104520429B>. [DB: Espacenet]
3 Karvelis, Tautvydas; Bigelytė, Greta; Young, Joshua K; Hou, Zhenglin; Žedaveinytė, Rimantė; Budrė, Karolina; Paulraj, Sushmitha; Djukanovic, Vesna; Gasior, Stephen; Šilanskas, Arūnas; Venclovas, Česlovas; Šikšnys, Virginijus. PAM recognition by miniature CRISPR-Cas12f nucleases triggers programmable double-stranded DNA target cleavage // Nucleic acids research. Oxford : Oxford University Press. ISSN 0305-1048. eISSN 1362-4962. 2020, vol. 48, iss. 9, p. 5016-5023. DOI: 10.1093/nar/gkaa208. [DB: Scopus, Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 16.971; AIF: 5.817; Q1 (2020 InCities JCR SCIE)]
4 Mullally, Grace; van Aelst, Kara; Naqvi, Mohsin M; Diffin, Fiona M; Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Šikšnys, Virginijus; Szczelkun, Mark D. 5' modifications to CRISPR-Cas9 gRNA can change the dynamics and size of R-loops and inhibit DNA cleavage // Nucleic acids research. Oxford : Oxford University Press. ISSN 0305-1048. eISSN 1362-4962. 2020, vol. 48, iss. 12, p. 6811-6823. DOI: 10.1093/nar/gkaa477. [DB: Current Contents, BIOSIS Previews, PubMed, Scopus, Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 16.971; AIF: 5.817; Q1 (2020 InCities JCR SCIE)]
5 Vadeikienė, Roberta; Karvelis, Tautvydas; Jakštys, Baltramiejus; Ugenskienė, Rasa; Juozaitytė, Elona; Šatkauskas, Saulius; Šikšnys, Virginijus. Development of Cellular Model with CALR Gene Mutations Using Genome Editing Tool CRISPR/Cas9 System // 5th International Hematology / Oncology Colloquium : 26 June 2020, Kaunas / Lithuania : Online Poster Abstract Book / Editor Elona Juozaitytė ; Abstracts' Reviewers Arturas Inčiūra, Rolandas Gerbutavičius, Sigita Liutkauskienė ; Kaunas Region Society of Oncologists, Hematologists and Transfusiologists. Kaunas : Eventas, 2020. eISBN 9786099616704. p. 13-14, no. 13. Prieiga per internetą: <https://eu.eventscloud.com/file_uploads/cdf3b3455f32e6be0dc14fc9aa44b806_KIHOC2020OnlinePosterAbstractBook.pdf> [žiūrėta 2020-07-17].
6 Gasiunas, Giedrius; Young, Joshua K; Karvelis, Tautvydas; Kazlauskas, Darius; Urbaitis, Tomas; Jasnauskaite, Monika; Grusyte, Mantvyda M; Paulraj, Sushmitha; Wang, Po-Hao; Hou, Zhenglin; Dooley, Shane K; Cigan, Mark; Alarcon, Clara; Chilcoat, N Doane; Bigelytė, Greta; Curcuru, Jennifer L; Mabuchi, Megumu; Sun, Zhiyi; Fuchs, Ryan T; Schildkraut, Ezra; Weigele, Peter R; Jack, William E; Robb, G Brett; Venclovas, Česlovas; Šikšnys, Virginijus. A catalogue of biochemically diverse CRISPR-Cas9 orthologs // Nature communications. London : Nature Publishing Group. eISSN 2041-1723. 2020, vol. 11, no. 1, art. no. 5512, p. [1-10]. DOI: 10.1038/s41467-020-19344-1. [DB: Scopus, Science Citation Index Expanded (Web of Science)]
7 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. US10844378B2. 2020-11-24. 57 p.

2019
1 Karvelis, Tautvydas; Young, Joshua K.; Šikšnys, Virginijus. A pipeline for characterization of novel Cas9 orthologs // CRISPR-Cas Enzymes / edited by Scott Bailey. Cambridge, MA : Academic Press Inc., 2019. ISBN 9780128167601. p. 219-240. (Methods in enzymology, ISSN 0076-6879 ; vol. 616). DOI: 10.1016/bs.mie.2018.10.021. [DB: Scopus, Book Citation Index - Science (Web of Science), Science Citation Index Expanded (Web of Science)]
2 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Lubys, Arvydas (autorius, išradimo); Žaliauskienė, Lolita (autorius, išradimo); Glemžaitė, Monika (autorius, išradimo); Smith, Anja (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. EP2828386B1. 2019-07-10. 105 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/EP2828386B1/en> [žiūrėta 2019-11-28].
3 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. US20190085329A1. 2019-03-21. 56 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/US20190085329A1/en?oq=US20190085329A1>.
4 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Lubys, Arvydas (autorius, išradimo); Žaliauskienė, Lolita (autorius, išradimo); Glemžaitė, Monika (autorius, išradimo); Smith, Anja (autorius, išradimo). Cas9-crRNA RNA-directed DNA cleavage by complexes. JP2019030321A. 2019-02-28. 37 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/JP2019030321A/en?oq=JP6423338B2> [žiūrėta 2019-11-28].

2018
1 Bigelytė, Greta; Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Young, Joshua K.; Šilanskas, Arūnas; Cigan, Mark; Šikšnys, Virginijus. A rapid method for the identification of protospacer adjacent motifs and guide RNAs for novel Cas9 orthologs // Vita Scientia : international conference, 3rd January 2018, Vilnius : conference book. Vilnius : Vita Scientia. ISSN 2538-791X. 2018, p. 27. Prieiga per internetą: <http://www.vitascientia.lt/book> [žiūrėta 2018-04-19].
2 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. JP6423338B2. 2018-11-14. 49 p. Prieiga per internetą: <https://patents.google.com/patent/JP2015510778A/en?oq=JP6423338B2> [žiūrėta 2019-06-10].
3 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Lubys, Arvydas (autorius, išradimo); Zaliauskienė, Lolita (autorius, išradimo); Glemžaitė, Monika (autorius, išradimo); Smith, Anja. RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex. US2018187195. 2018-07-05. 82 p. Prieiga per internetą: <https://worldwide.espacenet.com/publicationDetails/biblio?CC=US&NR=2018187195A1&KC=A1&FT=D&ND=3&date=20180705&DB=EPODOC&locale=en_EP#> [žiūrėta 2019-05-02].

2017
1 Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Bigelytė, Greta; Šikšnys, Virginijus. Naujų Cas9 endonukleazių charakterizavimas ir pritaikymas genomo redagavimui // Fizinių ir technologijos mokslų tarpdalykiniai tyrimai : 7-oji jaunųjų mokslininkų konferencija, 2017 m. vasario 9 d. : pranešimų santraukos. Vilnius : Lietuvos mokslų akademijos leidykla. 2017, p. 18-19. Prieiga per internetą: <http://mail.ma.lt/components/com_rseventspro/assets/images/files/2017-02-09_JMK_pranesimu_santraukos_galutines.pdf> [žiūrėta 2017-06-08].
2 Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Šikšnys, Virginijus. Harnessing the natural diversity and in vitro evolution of Cas9 to expand the genome editing toolbox // Current opinion in microbiology. London : Current biology Ltd. ISSN 1369-5274. eISSN 1879-0364. 2017, Vol. 37, p. 88-94. DOI: 10.1016/j.mib.2017.05.009. [DB: Scopus, MEDLINE, Current Contents, Chemical abstracts, ScienceDirect, Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 6.710; AIF: 3.784; Q1 (2017 InCities JCR SCIE)]
3 Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Šikšnys, Virginijus. Methods for decoding Cas9 protospacer adjacent motif (PAM) sequences: A brief overview // Methods. San Diego, CA : Academic Press Inc Elsevier science. ISSN 1046-2023. eISSN 1095-9130. 2017, Vol. 121, p. 3-8. DOI: 10.1016/j.ymeth.2017.03.006. [DB: Scopus, ScienceDirect, Embase, Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 3.998; AIF: 3.839; Q1 (2017 InCities JCR SCIE)]
4 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the CAS9-CRRNA complex / Inventors: Virginijus Šikšnys, Giedrius Gasiūnas, Tautvydas Karvelis. US 9637739 B2. 2017-05-02. 30 p. Prieiga per internetą: <http://patft.uspto.gov/netacgi/nph-Parser?Sect1=PTO2&Sect2=HITOFF&p=1&u=%2Fnetahtml%2FPTO%2Fsearch-bool.html&r=17&f=G&l=50&co1=AND&d=PTXT&s1=gasiunas&OS=gasiunas&RS=gasiunas> [žiūrėta 2017-11-23]. [DB: USPTO Patent Full-text and Image Database]
5 Bigelytė, Greta; Šilanskas, Arūnas; Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius. Naujų CRISPR-Cas9 baltymų PAM sekos charakterizavimas // Bioateitis: gamtos ir gyvybės mokslų perspektyvos : 10-oji jaunųjų mokslininkų konferencija, 2017 m. gruodžio 7 d.: pranešimų santraukos. Vilnius : Lietuvos mokslų akademijos leidykla. 2017, p. 21. Prieiga per internetą: <http://www.lma.lt/uploads/2017-12-07_BIOATEITIS_pranesimu_santraukos.pdf> [žiūrėta 2018-03-27].

2016
1 Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Young, Joshua; Bigelytė, Greta; Šilanskas, Arūnas; Cigan, Mark; Šikšnys, Virginijus. Rapid characterization of CRISPR-Cas9 protospacer adjacent motif (PAM) sequence elements // XIVth International Conference of the Lithuanian Biochemical Society : the program and abstract book. Vilnius : Lithuanian Biochemical Society. 2016, p. 44. Prieiga per internetą: <https://cloudup.com/itEl9IF2n8q> [žiūrėta 2018-03-14].

2015
1 Glemžaitė, Monika; Balčiūnaitė, Eglė; Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Grušytė, Mantvyda Marija; Alzbutas, Gediminas; Jurcytė, Aistė; Anderson, Emily M.; Maksimova, Elena; Smith, Anja J.; Lubys, Arvydas; Zaliauskienė, Lolita; Šikšnys, Virginijus. Targeted gene editing by transfection of in vitro reconstituted Streptococcus thermophilus Cas9 nuclease complex // RNA biology. Philadelphia : Taylor & Francis Inc. ISSN 1547-6286. eISSN 1555-8584. 2015, vol. 12, no. 1, p. 1-4. DOI: 10.1080/15476286.2015.1017209. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), Scopus, MEDLINE] [IF: 4.076; AIF: 4.093; Q2 (2015 InCities JCR SCIE)]
2 Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Young, Joshua; Bigelytė, Greta; Šilanskas, Arūnas; Cigan, Mark; Šikšnys, Virginijus. Rapid characterization of CRISPR-Cas9 protospacer adjacent motif sequence elements // Genome biology. London : BioMed Central Ltd. ISSN 1465-6906. eISSN 1474-760X. 2015, vol. 16, art. no. 253, p. [1-13]. DOI: 10.1186/s13059-015-0818-7. [DB: Science Citation Index Expanded (Web of Science), BIOSIS Previews, Current Contents, Scopus, MEDLINE, CAB Abstracts] [IF: 11.313; AIF: 3.724; Q1 (2015 InCities JCR SCIE)]

2014
1 Szczelkun, Mark. D.; Tikhomirova, Maria S.; Šinkūnas, Tomas; Gasiūnas, Giedrius; Karvelis, Tautvydas; Pschera, Patrizia; Šikšnys, Virginijus; Seidel, Ralf. Direct observation of R-loop formation by single RNA-guided Cas9 and Cascade effector complexes // PNAS : Proceedings of the National Academy of Sciences. Washington : National Academy of Sciences. ISSN 0027-8424. 2014, vol.111, no 27, p. 9798-9803. DOI: 10.1073/pnas.1402597111. [DB: Biological Abstracts, Scopus, MEDLINE, Elsevier Biobase, Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 9.674; AIF: 5.269; Q1 (2014 InCities JCR SCIE)]
2 Gasiūnas, Giedrius; Karvelis, Tautvydas; Šikšnys, Virginijus. Cas9 - a programmable RNA-guided DNA endonuclease from the bacterial adaptive immune system // COINS 2014 : conference of natural and life sciences. Vilnius : Vilniaus universiteto leidykla. 2014, p. 21-22. Prieiga per internetą: <http://pub.vusa.lt/Info.com/Coins/COINS2014.pdf> [žiūrėta 2014-07-16].
3 Bigelytė, Greta; Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius. Fermentų, dalyvaujančių II tipo CRISPR-CAS sistemų RNR brendime, paieška // Studentų mokslinė praktika 2014 : konferencijos pranešimų santraukos. D. 2. Vilnius : Lietuvos mokslo taryba, 2014. ISBN 9786094170911. p. 20-21. Prieiga per internetą: <http://studentai.lmt.lt/DOKUMENTAI/KONFERENCIJOS/LMT_knyga-II_d.pdf> [žiūrėta 2014-10-22].

2013
1 Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Mikšys, Algirdas; Barrangou, Rodolphe; Horvath, Philippe; Šikšnys, Virginijus. crRNA and tracrRNA guide Cas9-mediated DNA interference in Streptococcus thermophilus // RNA biology. Austin : Landes Bioscience. ISSN 1547-6286. 2013, vol. 10, no. 5, p. 841-851. DOI: 10.4161/rna.24203. [DB: MEDLINE, Chemical abstracts, Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 5.377; AIF: 4.311; Q1 (2013 InCities JCR SCIE)]
2 Gasiūnas, Giedrius; Karvelis, Tautvydas; Barrangou, Rodolphe; Horvath, Philippe; Šikšnys, Virginijus. Cas9 – a programmable RNA-guided DNA endonuclease from the bacterial adaptive immune system // The FEBS Journal. Oxford : Wiley-Blackwell Publishing Ltd. ISSN 1742-464X. 2013, vol. 280, suppl. 1, p. 80. Prieiga per internetą: <http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/febs.12340/pdf> [žiūrėta 2013-11-06]. [DB: Chemical abstracts, Index Medicus, Current Awareness in Biological Sciences, AgBiotech News and Information, Science Citation Index Expanded (Web of Science)] [IF: 3.986; AIF: 4.311; Q2 (2013 InCities JCR SCIE)]
3 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo); Lubys, Arvydas (autorius, išradimo); Zaliauskienė, Lolita (autorius, išradimo); Glemžaitė, Monika (autorius, išradimo); Smith, Anja (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex : WIPO/PCT patent 2013/142578 A1. WO2013142578 A1. 2012-03-20. Prieiga per internetą: <http://www.google.com/patents/WO2013142578A1?cl=en> [žiūrėta 2013-11-07].
4 Šikšnys, Virginijus (autorius, išradimo); Gasiūnas, Giedrius (autorius, išradimo); Karvelis, Tautvydas (autorius, išradimo). RNA-directed DNA cleavage by the Cas9-crRNA complex : WIPO/PCT patent 2013/141680 A1. WO2013141680 A1. 2012-03-20. [43 p.]. Prieiga per internetą: <https://patentscope.wipo.int/search/en/detail.jsf;jsessionid=3999AF8EDFD7C30C3A246932F2E7DAF4.wapp2nA?docId=WO2013142578&recNum=12&maxRec=22125&office=&prevFilter=&sortOption=&queryString=streptococc*&tab=PCT+Biblio> [žiūrėta 2013-11-07].
5 Karvelis, Tautvydas; Gasiūnas, Giedrius; Šikšnys, Virginijus. Programmable DNA cleavage in vitro by Cas9 // Biochemical Society transactions. London : Portland Press Ltd. ISSN 0300-5127. 2013, vol. 41, part. 6, p. 1401-1406. DOI: 10.1042/BST20130164. [DB: Embase, ISI Web of Science (nenaudotinas), MEDLINE, ProQuest (nenaudotinas), GeoRef, PubMed, Scopus, EBSCOHost (nenaudotinas), IBZ - Internationale Bibliographie der Geistes- und Sozialwissenschaftlichen Zeitschriftenliteratur, Chemical abstracts, CABI Abstracts Databases] [IF: 3.238; AIF: 4.311; Q2 (2013 InCities JCR SCIE)]